1899年——1900年义和团之乱兴。
百日维新失败后，慈禧垂帘听政重掌权柄。光绪还是皇帝但仅是慈禧的傀儡而已，每天跟着慈禧上朝，跟个木头似地坐在龙椅上。群臣直接向坐在后面的慈禧汇报工作，视皇帝如空气。光绪偶尔也插句话，但大家只是出于客气应付他两句。散朝后，光绪被送回瀛台看管起来。
光绪被囚禁，慈禧又一次垂帘听政，中国也又一次丧失了一个图强维新、追赶西方的机会。
主张“发愤图强”的变法运动被慈禧派压制下去。但是单纯“发愤”的“义和团”运动却得到她的支持。
1899年，一帮清代的“愤青”把对现状不满的愤怒情绪发泄到“洋人”身上。他们疯狂地攻击教堂、教士、教徒和所有与洋人有瓜葛的东西，包括铁路和电线杆子。
他们的行为得到官府的纵容和支持。官府还给他们起了个好听的名字叫义和团。
义和团最早是山东一带练拳的民间组织，据说属于白莲教的一个分支，但他们自己否认。他们自称练了神拳之后刀枪不入，经常现场表演给人看，招揽会众。
现在街头耍把式卖艺的人也经常表演刀枪不入的节目，这其实是气功加技巧的东西。如果你真上去捅他一刀，他也是一个透明窟窿。
当时的百姓恨政府无能，恨洋人欺人太甚。义和团于是打出“反清灭洋”的旗号出来活动，攻击教堂，杀死洋人传教士和中国教徒。他们管洋人叫大毛子，管跟洋人混的中国人叫二毛子。大毛子、二毛子一起杀。
清朝在甲午战争后教案渐多，多是义和团所为。
例如1897年发生在山东巨野的教案，大刀会（义和团前身）潜入教堂杀死两名德国神父。随即，周边州县也纷起攻击教堂和教民。德国以此为借口出兵山东，占领了胶州湾，强迫清廷签订《胶澳租界条约》，以租借的名义霸占了胶州湾。
依靠德军的撑腰，教会更加飞扬跋扈，为所欲为。教民借官府之手对大刀会进行反攻倒算。这更激起大刀会对洋人洋教以及清朝政府的愤恨。
不久，山东冠县也爆发教案。梅花拳（也是义和团的前身）跟教会武力对抗，但旋即遭到清朝官府的镇压。
梅花拳为了躲避镇压改名义和拳，并且打出“扶清灭洋”的旗号。
其他拳会，诸如红拳、大刀会等，也纷纷改名为义和拳。
官府和军队也痛恨洋人，不愿再剿，建议朝廷改剿为抚，并且称义和拳为民团。从此义和拳有了个官称叫义和团。
义和团在官府睁只眼闭只眼的默许下迅速发展起来。周边省份乃至整个北方都出现了义和团。
山西最早出现义和团的地方是榆次。“有三五贫家子弟……头裹红巾，腰缠红带，累日向东南焚香念咒，随即仆倒在地僵卧，醒后如痴如癫……每晚练习，咸以保国灭教（基督教）相号召”。义和团很快遍布山西各州县，并且频繁爆发针对教会和教民的冲突。
各地义和团组成松散的联盟，有了自己的组织和团规，甚至还有自己的团歌。
团规是这样规定的：“毋贪财、毋好色、毋违父母命、毋犯朝廷法，杀洋人、灭赃官，行于市必俯首，不可左右顾，遇同道则合十”。
团歌详细地描述了义和团的性质：“神助拳，义和团，只因鬼子闹中原。劝奉教，自信天，不敬神，忘祖先。男无伦，女行奸，鬼孩俱是子母产。如不信，仔细观，鬼子眼珠俱发蓝。天无雨，地焦干，全是教堂止住天。神发怒，仙发怨，一同下山把道传。非是邪，非白莲，念咒语，法真言。升黄表，敬香烟，请下各洞诸神仙。仙出洞，神下山，附着人体把拳传。兵法艺，都学全，要平鬼子不费难。拆
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